¿Se puede obtener la licencia de primera ocupación por silencio administrativo?

Sí. Baste que la solicitud de licencia vaya acompañada de los documentos indispensables para su otorgamiento según la normativa autonómica y municipal para que trascurrido el plazo correspondiente se entienda concedida. (En este sentido, ver STSJ Cont-Admvo. de Valencia de 3 de mayo de 2005)

Cosa bien distinta es saber: ¿opera el silencio administrativo positivo cuando la licencia vulnera la normativa urbanística?. Esta cuestión actualmente no es nada pacífica y existen Tribunales a favor de considerar otorgada la licencia a pesar de vulnerarse la normativa urbanística, por ejemplo, STS Cont- Admvo. de Madrid de 17 de marzo de 2005 y  STS Cont-Amdvo de Valencia de 24 de Noviembre de 2006; en contra de considerarla otogada STS Cont – Admvo. de La Rioja de 15 de septiembre de 2006 y STSJ Cont- Admvo de Aragón de 29 de abril de 2005.

Especialmente ejemplar e ilustrativo sobre esta polémica es el estudio de CHOLBI CACHÁ, F.A. referido en http://dialnet.unirioja.es/servlet/articulo?codigo=2320521

Recientemente la STS 3ª (Secc 5ª) de 29 de enero de 2009 (Rec. 45/2007),  en unificación de doctrina ha “zanjado” la polémica  considerando que no pueden obtenerse licencias urbanísticas vulnerando la normativa urbanística. Lo razona así en su FJ 5º: 

“ Pues bien, la regla general es la del silencio positivo, aunque la propia norma contiene la salvedad de que otra norma con rango de Ley o norma de Derecho Comunitario Europeo establezca lo contrario, y esto es lo que sucedía con la vigencia antes, en todo el territorio español, del precepto contenido en el aludido artículo 242.6 del Texto Refundido de la Ley del Suelo de 1992 y ahora con lo dispuesto en el artículo 8.1 b), último párrafo, del Texto Refundido de la Ley de suelo de 2008, y, por consiguiente, conforme a ellos, no pueden entenderse adquiridas por silencio administrativo licencias en contra de la ordenación territorial o urbanística, de manera que la resolución de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Superior de Justicia, al declarar lo contrario, es errónea y gravemente dañosa para el interés general porque elimina una garantía encaminada a preservar la legalidad urbanística.”